大原社会問題研究所は1919（大正8）年2月9日、岡山県倉敷の富豪・大原孫三郎によって創立された。大原氏は倉敷紡績などの事業を営むかたわら大原美術館、倉敷労働科学研究所などを設立した異色の実業家である。彼は岡山孤児院の創設者・石井十次の影響をうけてキリスト教徒となり、石井の事業を経済的に支え、その死後は石井記念愛染園を大阪に設けて貧困児童を対象とする夜学校を経営するなど、社会事業にも熱心な人物であった。しかし慈善事業の結果に失望し、社会問題の解決にはその根本的な調査・研究が必要であると考え、研究所の創設を決意したのであった。

大原社会問題研究所の初代所長に就任したのは東京帝国大学教授・高野岩三郎であった。高野のもとに櫛田民蔵、権田保之助、森戸辰男、大内兵衛、久留間鮫造、宇野弘蔵、笠信太郎らのすぐれた研究者が集まり、労働・社会問題、マルクス経済学など未開拓の分野で数多くの先駆的業績をあげた。その成果は《大原社会問題研究所雑誌》、《大原社会問題研究所叢書》、《大原社会問題研究所パンフレット》などに発表された。

研究所はまた、創立直後から《日本労働年鑑》《日本社会事業年鑑》《日本社会衛生年鑑》の編集・刊行を開始した。研究活動やこれらの年鑑編集のために、国内で大量の図書・資料が集められただけでなく、研究員がドイツ、イギリスなどに派遣され、膨大な社会・労働関係図書や機関紙誌を購入した。これらの図書は研究員の利用のためだけでなく、広く一般に開放された。

1937（昭和12）年大原氏からの財政援助が打ち切られたため、研究所はその土地建物と約8万冊の図書を大阪府に譲渡して東京に移転し、規模を縮小して存続をはかった。戦時下の厳しい状況のもとで、《日本労働年鑑》は1941年の第21集を最後に刊行を中止せざるを得なかったが、研究所は《統計学古典選集》全12巻の翻訳刊行などに力をいれ、冬の時代を凌いだ。

敗戦とともに研究所をとりまく環境は一変した。学問研究の自由は保障され、労働運動の発展にともない、労働問題は多くの研究者の関心を集めた。しかし戦災で建物や蔵書の一部を失い、銀行預金は封鎖されるなど研究所の活動再開は容易ではなかった。一方、戦後の日本は、冬の時代を耐えてきた所員に対し研究所以外のさまざまな分野で活動することを求めた。1945年末、大内兵衛は東大経済学部に復帰し、その再建の中心となった。

翌1946年高野岩三郎は日本放送協会（NHK）の会長に就任し、権田保之助もNHK常務理事として高野を助けた。森戸辰男は日本社会党の創立に参加して衆議院議員となり、47年には片山内閣の文部大臣に就任した。このため研究所の再建の任務は創立以来の研究員である久留間鮫造の手に委ねられた。研究所は神田駿河台の政経ビルの1室を借りて事務所とし、上杉捨彦ら新所員を採用して活動を再開した。

しかし、激しいインフレの前に研究所の財政状態は急速に悪化した。そこで、1949年、研究所はいったん解散し、法政大学の付置研究所となって、この危機を乗り切った。1951年、外部の資金援助を受けるため、再び財団法人化が問題となり、法政大学の全面的な支持により財団法人法政大学大原社会問題研究所が設立された。

1986年3月、研究所は都心の富士見校地から多摩校地へ移転した。これは研究所と密接な関係がある法政大学経済学部・社会学部が多摩に移り、両学部から行動をともにするよう要望されたためであったが、同時に長年の難問である研究所のスペース問題、とりわけ書庫の狭さを解決するためでもあった。

多摩キャンパスに新築された図書館・研究所棟には、5階に研究室、事務室、閲覧室、貴重書書庫、作業室などが、地下3階には大書庫が設けられ、総面積2,200平方メートル、研究所の歴史を通じ最大のスペースが確保され、これによって研究所の活動、とりわけ専門図書館・資料館としての機能をさらに充実させることが可能となった。

また、多摩校地への移転と同時に、研究所はその組織や運営を改革し、日本における社会・労働問題の研究センターたることを目指して、新たな活動を展開した。その一つは、研究員が各自の研究を進めるだけでなく、学内学外の専門家を集め、研究組織者としての機能を発揮すること、第二は研究所を専門図書館・資料館として充実すること、第三に研究情報センターとなること、第四は研究所を国際交流の場とすることである。

第一の点は多数のプロジェクトチームの誕生となり、その成果は研究叢書として結実した。また機関誌『大原社会問題研究所雑誌』を一研究所の紀要にとどめず、社会・労働問題研究専門誌となるよう内容の充実に努めている。第二の専門図書館・資料館としての機能は長い歴史がものをいって高く評価され、国内ばかりか、世界中から日本の労働問題を研究しようとする人が集まっている。第三の点でも、研究所は1950年代から「労働関係文献月録」という文献情報を編集してきたが、1988年からこれをコンピュータに入れ、データベース化する作業を始め、現在ではインターネットを介して検索可能になっている。研究所所蔵のポスターなどの資料もインターネット上で閲覧可能となった。第四の国際化についても、すでに世界中から多数の学者が来所し、研究所の図書や資料を利用して研究を行い、世界の日本研究者の間で広く知られている。また研究所は労働史研究機関国際協会（IALHI）の日本唯一の加盟機関であり、世界の労働関係資料館との交流も活発におこなっている。

2013年4月より、旧サスティナビリティ研究教育機構の環境アーカイブズが大原社会問題研究所に統合された。同アーカイブズは、国内外の環境問題、環境政策、環境運動を中心とする資料を幅広く収集・整理し、それらを社会に公開している。